はい、LIKEのお客様数とお店のLINE公式アカウントの友達登録数が一致しないことはあります。その理由として以下の2つの可能性が考えられます。

ユーザーが友達登録を行ったが、カウンセリングを受けていない場合。この場合、お店のLINE公式アカウントの友達数は増えますが、LIKEの会員数には含まれません。
ユーザーがお店のLINE公式アカウントをブロックした場合。この場合、お店のLINE公式アカウントの友達数は減りますが、LIKEの会員数は変わりません。